海军航空工程学院创建于新中国诞生之初。 1950 年 8 月，在山东青岛成立“海军海岸炮兵学校”。 40 多年来，学校曾 6 次更名， 4 迁校址。 1970 年 1 月校址由烟台迁往江苏南京市， 1974 年 9 月学校由南京迁往辽宁锦西。 1978 年 1 月又改称“海军第二炮兵学院”。 1979 年 4 月被教育部列为军队首批全国重点高等院校之一。 1985 年，学院开始招收硕士研究生。 1986 年 6 月，学院正式定名为“海军航空工程学院”，校址由锦西迁回烟台市。
海军航空工程学院注重跟踪现代化科学技术和产队武器装备的发展，初步形成了以工程技术为主，工程技术与军事指挥兼容，以初级培为主，初级培训与中级培训相结合的办学模式。学院现有 6 个系、部， 7 个硕士研究生学科点， 14 个本科专业， 14 个大专专业， 12 个中专专业。
海军航空工程学院有比较齐全、先进的教学科研设备和良好的实验条件。现有 2 栋现代化实验楼， 24 个专业实验室和 121 个分实验室，有 5 个研究所，还有计算机中心、实习工厂和各种专门训练场。藏书 60 万册。学院有 1 个实验室被评为国家先进实验室， 2 个实验室被评为山东省先进实验室。
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