海军工程学院的前身是 1949 年 11 月创建的大连海军学校，是当时我军仅有的一所海军学校。 1954 年 4 月，学校更名为第二海军学校。 1961 年 10 月，海军工程学院正式成立。 1963 年，经国务院批准，海军工程学院列为全国重点大学。 1969 年 9 月，学院由大连迁至武汉。原海军工程学院，海军电子工程学院合并而成海军工程大学。
海军工程大学是人民海军成立最早的一所多层次、多学科的海军高等工程技术院校，承担着培养舰艇机电部门技术指挥军官和舰船、电气设备、计算机、海军兵器监造论证、试验、维修使用工程技术军官的任务。
目前，全院下设舰船工程，内燃动力，蒸汽和燃气动力，电气工程，海军兵器，计算机工程等系，有 50 多个教研室和研究室， 40 多个实验室， 40 多个大专和本科生专业， 25 个硕士学位和 6 个博士学位授权点， 2 个博士后流动站。教授、副教授 200 余名。图书馆藏书 60 万册。
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